Каньон Чарын расположен на территории Чарынского национального парка, созданного с целью сохранения природных и геологических объектов. Национальный парк был образован 23 февраля 2004 года. На территории парка обитает большое количество редких и исчезающих видов животных, занесенных в Красную книгу.

В урочище Сарытогай на территории парка находятся охраняемые леса, где растёт одно из самых уникальных деревьев на земле – ясень согдийский, который существовал еще в эпоху палеогена. Ясеневая роща — уникальна, вторая подобная роща находится в Северной Америке. Ясеневая роща является особо охраняемым памятником природы под эгидой ЮНЕСКО. Возраст рощи примерно 5 миллионов лет.